Thèmes de recherche

1. Etude de l´adaptation des Plasmodium à leurs hôtes.

> A l´échelle micro-évolutive en étudiant l´adaptation de P. falciparum à un nouveau vecteur, Anopheles darlingi lors de sa colonisation du Nouveau Monde.

2. Analyse des systèmes de reproduction des pathogènes et conséquences sur la distribution de la variabilité génétique.

3. Etude de l'évolution humaine : histoire démographique et sélective.

Research

1. Plasmodium adaptation to their hosts.

> A macro-evolutionary approach in comparing the adaptative evolution rates within the whole genome of Plasmodium infecting primates (P. falciparum, P. reichenowi, P. gaboni) and rodents.

> A micro-evolutionary approach in studying the P. falciparum adaptation to a new vector, Anopheles darlingi during his colonization of the New World.

2. Analysis of the reproductive modes in pathogens and their consequences on the distribution of genetic variability.

> By studying the consequences of clonal reproduction in species where this mode of reproduction dominates.

3. Human evolution : selective and demographic history.

> By showing that neutral genetic diversity in human populations decreases with distance from Africa.

> By analysing the role of pathogens in the evolution of human phenotypic and genetic diversity.

Publications majeures

- Ollomo B, Durand P, Prugnolle F, Douzery E, Arnathau C, Nkoghé D et al (2009). A New Malaria Agent in African Hominids. Plos Pathogens 5:5.

- Liu H, Prugnolle F, Manica A, Balloux F (2006). A geographically explicit genetic model of worldwide human-settlement history. Am J Hum Genet 79(2): 230-237.

- Prugnolle F, Manica A, Balloux F (2005b). Geography predicts neutral genetic diversity of human populations. Curr Biol 15(5): R159-R160.

- Prugnolle F, Manica A, Charpentier M, Guegan JF, Guernier V, Balloux F (2005c). Pathogen-driven selection and worldwide HLA class I diversity. Curr Biol 15(11): 1022-1027.

Autres :

- Prugnolle F, Durand P, Renaud F, Rousset F (2009a). Effective size of the hierarchically structured populations of the agent of malaria: a coalescent-based model. Heredity Re-submitted.

- Prugnolle F, Lefèvre T, Renaud F, Moller AP, Missé D, Thomas F (2009b). Infection and body odours: evolutionary and medical perspectives. Infect Genet Evol. In press

- Prugnolle F, Chevillon C (2009). Evolution adaptative des pathogènes : identification des mécanismes et conséquences épidémiologiques. In: Guégan JF and Choisy M (eds) Introduction à l'épidémiologie intégrative des maladies infectieuses et parasitaires. De Boeck Université: Bruxelles.

- Prugnolle F, Choisy M, De Meeus T (2008a). CLONALITY V.0.4: a randomization-based program to test for heterozygosity-genet size relationships in clonal organisms. Mol Ecol Resour 8(5): 954-956.

- Prugnolle F, De Meeus T (2008). The impact of clonality on parasite population genetic structure. Parasite 15(3): 455-457.

- De Meeus T, Prugnolle F, Agnew P (2008). Asexual reproduction in infectious diseases. In: Schön I, Martens K and Van Dijk P (eds) Lost Sex. Springer: NY.

- Guegan JF, Prugnolle F, Thomas F (2008). Global spatial patterns of infectious diseases and human evolution. In: Stearns SC and Koella JC (eds) Evolution in Health and Disease. Oxford University Press: Oxford.

- Charpentier MJE, Prugnolle F, Gimenez O, Widdig A (2008). Genetic heterozygosity and sociality in a primate species. Behav Genet 38(2): 151-158.

- Prugnolle F, Durand P, Jacob K, Razakandrainibe F, Arnathau C, Villarreal D et al (2008b). A comparison of Anopheles gambiae and Plasmodium falciparum genetic structure over space and time. Microbes Infect 10(3): 269-275.

- Prugnolle F, Mcgee K, Keebler J, Awadalla P (2008c). Selection shapes malaria genomes and drives divergence between pathogens infecting hominids versus rodents. Bmc Evol Biol 8: -.

- de Meeus T, McCoy KD, Prugnolle F, Chevillon C, Durand P, Hurtrez-Bousses S et al (2007a). Population genetics and molecular epidemiology or how to "debusquer la bete". Infect Genet Evol 7(2): 308-332.

- de Meeus T, Prugnolle F, Agnew P (2007b). Asexual reproduction: Genetics and evolutionary aspects. Cell Mol Life Sci 64(11): 1355-1372.

- Banuls AL, Hide M, Prugnolle F (2007). Leishmania and the leishmaniases: A parasite genetic update and advances in taxonomy, epidemiology and pathogenicity in humans. Adv Parasit 64: 1-+.

- Linz B, Balloux F, Moodley Y, Manica A, Liu H, Roumagnac P et al (2007). An African origin for the intimate association between humans and Helicobacter pylori. Nature 445(7130): 915-918.

- Caillaud D, Prugnolle F, Durand P, Theron A, de Meeus T (2006). Host sex and parasite genetic diversity. Microbes Infect 8(9-10): 2477-2483.

- Charpentier M, Setchell JM, Prugnolle F, Wickings EJ, Peignot P, Balloux F et al (2006). Life history correlates of inbreeding depression in mandrills (Mandrillus sphinx). Mol Ecol 15(1): 21-28.

- Jackson M, Watt AJ, Gautier P, Gilchrist D, Driehaus J, Graham GJ et al (2006). A murine specific expansion of the Rhox cluster involved in embryonic stem cell biology is under natural selection. Bmc Genomics 7: -.

- Manica A, Prugnolle F, Balloux F (2005). Geography is a better determinant of human genetic differentiation than ethnicity. Hum Genet 118(3-4): 366-371.

- Prugnolle F, De Meeus T, Pointier JP, Durand P, Rognon A, Theron A (2006). Geographical variations in infectivity and susceptibility in the host-parasite system Schistosoma mansoni/Biomphalaria glabrata: no evidence for local adaptation. Parasitology 133: 313-319.

- Prugnolle F, Liu H, de Meeus T, Balloux F (2005a). Population genetics of complex life-cycle parasites: an illustration with trematodes. Int J Parasitol 35(3): 255-263.

- Prugnolle F, Roze D, Theron A, DE Meeus T (2005d). F-statistics under alternation of sexual and asexual reproduction: a model and data from schistosomes (platyhelminth parasites). Mol Ecol 14(5): 1355-1365.

- Prugnolle F, Theron A, Pointier JP, Jabbour-Zahab R, Jarne P, Durand P et al (2005e). Dispersal in a parasitic worm and its two hosts: Consequence for local adaptation. Evolution 59(2): 296-303.

- Charpentier M, Setchell JM, Prugnolle F, Knapp LA, Wickings EJ, Peignot P et al (2005). Genetic diversity and reproductive success in mandrills (Mandrillus sphinx). P Natl Acad Sci USA 102(46): 16723-16728.

Encadrements

- Depuis décembre 2008 : co-encadrement avec François Renaud de la thèse d´Erhan Yalcindag : Adaptation Génétique de P. falciparum à de Nouveaux Environnements en Amérique du Sud.

- Février-Juin 2008 : co-encadrement avec Patrick Durand du stage de licence de Biotechnologie de Montpellier de Julie Arpinon : Origine de P. falciparum en Amérique du Sud.

- Mars-Août 2008 : co-encadrement avec Patrick Durand du stage de IUP-Master 1 de Protéomique et Génomique (Lille) d´Anne Boissière : isolement et génotypage d´un unique trophozoite de P. falciparum.

- Février-Juin 2007 : co-encadrement avec Patrick Durand du stage de IUP-Master 1 de Protéomique et Génomique (Lille) de Nicolas Loof: Structuration génétique des populations de P. falciparum en Guyane Française.

Mais aussi :

- Depuis 2008 : co-animateur d´une réunion bimensuelle de discussion scientifique intitulée Happy Science Chat.

- Depuis 2009 : animateur d´une réunion mensuelle de discussion des méthodes statistiques et moléculaires utilisées en génétique évolutive. L´objectif de cette réunion est de former les étudiants du laboratoire à ces différentes méthodes, mais également d´apporter à tous une formation continue sur les méthodes récemment développées.

- Depuis décembre 2008 : animateur de l´équipe Génétique et Adaptation des Plasmodium constituée de 4 permanents (François Renaud (DR1), Patrick Durand (IR1), Céline Arnathau (AI) et moi-même).

- Depuis 2008 : participation au Conseil de Laboratoire en tant que membre élu et en tant que responsable d´équipe.

- Porteur de l´ANR SEST 07 MGANE 012 (250000 Euros) sur le thème des adaptations de la Malaria à de nouveaux environnements et du projet MIE (30000 euros) sur le thème de la diversité des Plasmodiums circulant chez les singes en Afrique Centrale et Risques d´Emergences.

- Reviewer pour différentes revues (PNAS, Mol Ecol, IGE, Heredity, PLoS One) et pour l´ANR Blanche (2008).