Les Objectifs du GEMI

L'unité mixte de recherche Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses développe des recherches sur la génétique et la dynamique des populations, la biologie évolutive des maladies transmissibles et les dialogues vs. conflits moléculaires entre hôtes et pathogènes. Le but est d'accroître nos connaissances fondamentales sur la biologie des organismes impliqués (agents pathogènes, hôtes [principalement l'homme], vecteurs et réservoirs), et sur les modalités qualitatives et quantitatives de transmission de ces maladies. Les recherches développées vont de la biologie moléculaire à la modélisation mathématique en passant par l'évolution expérimentale, la morphometrie geometrique, et l'analyse spatio-temporelle de terrain. Bien que des recherches très fondamentales soient menées au GEMI, le souci est constant de développer des outils opérationnels susceptibles d'être utilisés par des chercheurs de terrain ou des professionnels de la santé.

Les approches développées sont méthodologiques et transversales. Les personnels du GEMI s'intéressent potentiellement à toute pathologie infectieuse, que l'agent infectieux soit viral, bactérien, parasitaire ou fongique.

Implantations

Implantation principale : IRD Montpellier, France

Implantations secondaires :

• Centre IRD Cayenne, Guyane
• Centre IRD Bangkok, Thaïlande

Chantiers

Sénégal : Collaboration avec l'US009 «Suivi démographique, épidémiologique et environnemental» de Pascal Arduin, sur la zone de Niakhar en modélisation spatiale des épidémies. Collaboration avec l'UR178 et le laboratoire de Parasitologie-Mycologie de l'université Cheikh Anta Diop de Dakar sur l'étude de la leishmaniose viscérale au Sénégal : cas de la région de Thiès.

Axes de recherche

L'unité GEMI a la particularité et l'originalité, au sein de la communauté scientifique nationale mais aussi internationale, de s'attacher à comprendre les facteurs écologiques et évolutifs responsables des dispersions des maladies infectieuses au travers de la diversité des hôtes potentiels présents dans les écosystèmes naturels et anthropiques. Ces maladies concernent donc la santé publique, la santé vétérinaire et la santé des plantes.

Les principaux axes thématiques qui sont abordés au GEMI peuvent se décliner comme suit :

• Les interactions entre facteurs locaux et globaux de l'environnement agissant sur la dynamique et l'évolution des maladies infectieuses (épidémiologie quantitative, impacts démographiques et évolutifs…) ;
• L'analyse intégrative de la biodiversité des agents infectieux, des réservoirs et des vecteurs dans les écosystèmes, la circulation des agents infectieux et les processus de franchissement de la barrière d'espèces (leurs diversités géniques et leurs différentiels d'expressions phénotypiques).
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• En résumé ;
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  • Qui (vecteurs, réservoirs) transmet Quoi (agents infectieux), Où (échelle spatiale) et Quand (échelle temporelle) ?
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• Les mécanismes quantitatifs de la biodiversité sur l'épidémiologie et l'évolution des maladies contagieuses et vectorielles ;
• L'étude des liens fonctionnels entre diversité biologique et risque infectieux ;
• Les processus génétiques et moléculaires d'adaptation et de sélection des pathogènes aux mécanismes de défense de l'hôte, aux biocides (évolution des traits d'histoire de vie des virulences et des résistances) ;
• Les conflits, dialogues et interactions moléculaires entre hôtes et pathogènes (manipulation parasitaire et compétition des co-infections, interférences…) ;
• La modélisation théorique des paramètres de l'émergence, de la propagation, de la diffusion, de l'évolution des virulences et des résistances ;
• Des approches de génomique structurale et fonctionnelle sur le protozoaire parasite Leishmania pour analyser les rôles des interactions entre de ségrégation, réplication et transcription au cours du cycle cellulaire.
• Stratégies de reproduction (conséquences génétiques et évolutives), co-structures génétiques, adaptations locales et spécialisation dans les systèmes symbiotiques et interactions entre pathogènes ;
• La structure des populations naturelles des vecteurs importants (Chagas, Maladie du Sommeil, Dengue, Malaria) abordée par des techniques d'analyse quantitative du phénotype.

Principaux partenaires

Le GEMI est structuré en sept équipes autonomes aux approches complémentaires, entre lesquelles les interactions sont importantes. Chacune des équipes a développé un très grand nombre de collaborations extérieures, aussi bien au nord qu'au sud.

En zone sud, des liens anciens et féconds ont été établis avec l'Amérique latine sur les leishmanioses et la maladie de Chagas, principalement Bolivie, Colombie, Venezuela, Argentine et Brésil, avec accueil de nombreux étudiants et visiteurs scientifiques. De plus divers projets sont développés avec plusieurs pays d'Afrique : Gabon, Sénégal, Burkina Faso et autres, etc. D'autres collaborations fortes sont également développées en Thaïlande avec Michel Tibayrenc, représentant actuel de l'IRD à Bangkok.

De même, un programme trans-régional amazonien financé par la National Science Fondation est en cours de développement associant des partenaires du Brésil, du Vénézuela et du Pérou, et incluant les recherches déjà menées par l'équipe en Guyane française.

L'Unité collabore avec des Universités situées dans l'Hexagone, mais également avec des structures scientifiques universitaires du Sud et du Nord comme: Athens, Madison, Maryland, Pennsylvannie, Irvine aux USA, Cambridge, Oxford, Edimbourg, Leeds au Royaune-Uni, Queen's University au Canada, Lausanne en Suisse, Moscou en Russie, Kosice en Slovaquie, Belem (Fiocruz et université fédérale, Fundaçào Oswaldo Cruz) au Brésil, Otago en Nelle Zélande, Sevilla en Espagne, Copenhague au Danemark, Rome en Italie, Universidad de Antioquia en Colombie, CRILAR (Conicet) et Universidad de Buenos Aires en Argentine.

Plusieurs membres de l'UMR sont enseignants dans le Master de Santé Publique de l'Ecole des Hautes Etudes en Santé publique (www.ehesp.fr) , et l'UMR participe au développement des recherches dans cette grande école de santé en étant Centre interdisciplinaire rattacheé à l'EHESP

Au 1er Janvier 2008, le GEMI s'est regroupé avec le Laboratoire de Parasitologie - Mycologie du CHU et de la Faculté de Médecine de Montpellier I (UMR 5093 CNRS) qui est :

• Centre national de référence des Leishmania (depuis 1998).
• Centre de Ressources biologiques en émergence (depuis 2002).
• Centre Collaborateur de l'Organisation Mondiale de la Santé pour les Leishmanioses (depuis 2004).

L'Unité appartient à l'IFR 119 «Biodiversité continentale méditerranéenne et tropicale» du ministère de le recherche et dirigé par Nicole Pasteur, Université de Montpellier II.

 

Collaborations avec d'autres UR IRD :

• UR008 «Pathogénie des trypanosomatidae» (Ali Ouaissi)
• UR016 «Caractérisation et contrôle des populations de vecteurs» (Didier Fontenille)
• UR077 «Paludologie afro-tropicale» (Jean François Trape)
• UMR145 «VIH et Maladies Associées» (Eric Delaporte)
• UMR177 «Interactions Hôtes/Vecteurs/Parasites dans les Trypanosomoses» (Gérard Cuny)
• UR178 «Conditions et territoires d'émergence des maladies» (Jean Paul Gonzalez)
• US009 «Suivi démographique, épidémiologique et environnemental» (Pascal Arduin)
• US140 «Expertises et SPAtialisation des Connaissances en Environnement» (Frédéric Huynh)