BLAST (recherche d'homologies) peut amener à des fichiers de résultats très volumineux (pouvant atteindre le Giga octets de données texte) difficile à apphréender. L'utilisateur est confronté au repérage de zones homologues pertinentes, de longueurs significative, de détection de recouvrements éventuels, de scores d'homologie, etc. BlastK est en cours de développement, en coopération avec Richard Christen du Laboratoire de Biologie Virtuelle à l'université de Nice. BlastK propose une aide à l'exploration des fichiers résultats Blasts. Par exemple, une séquence d'environ 10 000 nucléotides est mise en regard du chromosome 6 humain (environ 180 millions de bases) à l'aide d'un BLAST. Résultats : plus de 13000 séquences sont retournées à l'utilisateur, des "HSPs" de taille minimale de 11 nucléotides à plusieurs milliers de bases. Pour chaque HSP le fichier résultat indique les score d'homologie, d'identité, les positions sur la séquence "query" et la séquence "subject". BlastK permet la lecture d'un fichier résultat BLAST et propose d'une part un système de requêtes interfacé permettant de filtrer les HSPs (par exemple extraire les HSPs de taille supérieure à 2000 bases et dont le score d'identité est au moins de 85%), et d'autre part, une représentation graphique superposant les séquences "subject" et les HSPs précédemment extraites. Des outils permettent de manipuler cette représentation graphique : zoom avec historique, visualisation de superposition, définition de classes de couleurs des HSPs ou les classes sont définies par l'utilisateur sur des variables que l'identité, l'homologie, etc.