Financements

ACI IMPbio 2004-2006 E. Douzery, V. Berry, F. Chevenet, H. Philippe

Programme inter-EPST Bio-informatique 2002-2004 C. Pasquier, F. Chevenet, R. Christen

Programme inter-EPST Bio-informatique 2001-2003 F. Chevenet, C. Barnabé, AL Banuls

WWW : www.treedyn.org

Publication Chevenet F., Brun C., Banuls A.L., Jacq B. and R. Christen
TreeDyn: towards dynamic graphics and annotations for analyses of trees
BMC Bioinformatics 2006, 7:439

Le nombre d'arbres (arbres évolutifs ou arbres de classification) publié augmente et il existe un nombre important de logiciels dédiés à la représentation graphique de ces structures. L'interprétation d'une topologie et sa publication fait souvent appel à la projection d'une information complémentaire, comme par exemple une information taxonomique, une répartition géographique, des traits d'histoire de vie, la fonction des gènes, etc. Très peu d'éditeurs permettent la gestion de cette information. L'utilisateur se retrouve ainsi confronté à un traitement manuel fastidieux, sujet à erreurs et inaccessible en présence d'arbre géants et/ou à plusieurs arbres et/ou à des variables d'annotation complexes en quantité et en qualité (par exemple les ontologies de type GO).

Le projet TreeDyn à proposé l'utilisation des labels-feuilles des arbres comme des index uniques pointant sur des listes externes de couples variables/valeurs d'annotation. Avec TreeDyn, cette information est utilisable à l'aide d'opérateurs graphiques dynamiques (manipulation directe et réaction instantanée des éléments graphiques) qui permettent des processus de type "annotations vers arbres", "arbres vers annotations", "arbres vers arbres via annotations". Ces fonctionalités sont indépendantes mais totalement compatible avec le standard "Newick".