Relation biodiversité santé - Nous nous intéressons à l'impact de la diminution de la biodiversité sur la transmission de maladies parasitaires à vecteurs. La diminution de la biodiversité peut rendre la relation vecteurs-réservoirs plus efficace. Dans le cas de maladies où le réservoir du parasite est constitué par l'avifaune, la diminution du nombre d'espèces d'oiseaux pourrait permettre aux vecteurs d'infecter et d'être infectés avec une plus grande probabilité. Nous étudions dans ce cadre l'impact de la réduction de la biodiversité en Camargue sur la transmission du virus West Nile.

Modélisation spatiale des maladies infectieuses - Nous nous intéressons à la modélisation spatiale des maladies infectieuses et plus particuliérement à vecteurs. Nous utilisons pour cela la théorie des réseaux en épidémiologie-écologie qui permet l'étude de l'influence de sous-populations, non homogénes dans leur effectif et dans leur connectivité avec les autres, dans une métapopulation. Nous étudions aussi la modélisation par automates cellulaires et systémes multi-agents ainsi que leur intégration dans les systémes d'information géographique dans le but de construire des modéles spécifiques à certains systémes hôtes-parasites, par exemple pour le virus West Nile en Camargue.

Evolution Moléculaire des VIH - Nous nous intéressons à l'évolution des lentivirus de primates, c'est à dire les VIH, responsables de la pandémie du SIDA et les VIS, leurs relatifs simiens. Il existe une importante diversité de VIH et de VIS. Alors que le VIH est toujours fatal pour son hôte, il semble que les VIS soient très peu virulents. Nous essayons de comprendre ces différences épidémiologiques en termes évolutifs. Pour cela nous nous basons sur l'analyse de séquences de gènes incluant reconstructions phylogénétiques et détection de sélection positive. Choisy et al (2004)

Résonance et Epidémiologie - Le phénomène de résonance est un phénomène général observé sur les systèmes dynamiques soumis à un forçage périodique. Il se caractérise par une relation entre l'amplitude des oscillations et la fréquence du forçage. Lorsque ce dernier a une fréquence proche de la fréquence propre du système, le système «entre en résonance» et l'amplitude de ses oscillations est amplifiée. C'est ainsi qu'on peut faire éclater un verre en sifflant… Nous nous intéressons au phénomène de résonance en dynamique des populations et plus particulièrement des maladies infectieuses.

Distribution Globale des Maladies Infectieuses - Nous tentons de comprendre la distribution des principaux agents étiologiques responsables de maladies dans les populations humaines. Pour cela nous adoptons une démarche macroécologique et faisons des analyses comparatives dans le but d'inférer sur les processus responsables de ces distributions spatiales à large échelle. Nous travaillons actuellement sur les mécanismes responsables de ces organisations structurales d'agents étiologiques dans les populations humaines. Synopsis PLoS

Régles macroscopiques en écologie et épidémiologie - Certaines grandes lois en écologie comme la règle de Rapoport qui stipule que les organismes libres dans les zones intertropicales ont des aires de distribution spatiale moindres que les organismes localisés dans les zones plus septentrionales, s appliquent-elles aux organismes infectieux ou parasitaires ? Les agents infectieux ou parasitaires, à cycle biologique direct ou indirect, suivent-ils les mêmes grandes lois générales connues des écologistes, des macroécologistes et des biologistes évolutifs ?

Changements Climatiques et Choléra - La bactérie Vibrio cholerae exite à l'état non pathogène dans la plupart des milieux aquatiques. Des perturbations environnementales et/ou bio-climatiques intervenant sur ces milieux peuvent augmenter la probabilité de passage de formes pathogènes de la bactérie dans les populations humaines. Nous nous intéressons aux facteurs de risque liés au développement de crises épidémiques à Vibrio dans le bassin méditerranéen à la faveur de modifications bio-climatiques et/ou environementales prévisibles.

Dynamique spatio-temporelle des maladies infectieuses - Nous nous intéressons à la dynamique spatiale et temporelle des maladies infectieuses dans les populations humaines. Nous nous focalisons en particulier sur les périodicités et synchronismes, sur la persistance et la diffusion de ces infections. Nous utilisons pour cela les analyses statistiques de données épidémiologiques (e.g. séries temporelles). Nous nous intéressons principalement aux maladies infantiles comme la varicelle, la coqueluche et la rougeole. Nous comparons aussi ces dynamiques dans des environnements différents et à des échelles spatiales différentes pour tenter de faire ressortir les « patterns » généraux.

Impact de la Vaccination - Nous étudions l'effet de la vaccination sur les dynamiques (périodicité, synchronisme), la persistance et la transmission de deux maladies en particulier : la coqueluche et la rougeole. A l'échelle locale, nous étudions ces mécanismes dans une population de 30 000 habitants en zone rurale Sénégalaise, répartis en 30 villages, par une approche métapopulationnelle. A l'échelle plus globale, nous réalisons des analyses comparatives de séries temporelles de cas de différents pays.Broutin et al (2004a) et Broutin et al (2004b)

Evolution Humaine - Comme toute espèce vivante, l'être humain a évolué et évolue encore par sélection naturelle. Nous essayons de comprendre les différences de traits d'histoire de vie observés sur les populations humaines sous un angle darwinien. Nous nous intéressons en particulier à la pression de sélection exercée par les agents pathogènes sur l'évolution de ces traits (poids à la naissance, dates de premières menstruation, etc…). L'approche utilisée combine étude de modèles mathématiques et analyse comparative de données au moyen de modèles linéaires généralisés. Nous avons ainsi peu à peu constitué une base de données incluant des informations économiques, démographiques, géographiques, épidémiologiques, morphométriques, etc… sur plus de 150 pays. Thomas et al (2004) et Guégan et al (2000)

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